幕末の動乱期、“人斬り抜刀斎”と恐れられた志士がいた。

その男は、新しい時代の到来と共に人々の前から姿を消し去り、「最強」という名の伝説と化していった。

時は流れ――明治十一年、東京下町。

逆刃刀を腰に下げ、不殺を誓う旅の剣客・緋村剣心は、神谷活心流の師範代・神谷薫と出会う。

剣心は、活心流を騙る辻斬り「人斬り抜刀斎」の事件を解決したことをきっかけに、薫のもとに居候することとなる。

東京府士族出身の明神弥彦、喧嘩屋を称する相楽左之助といった仲間たちとの出会い
過去の因縁によって戦うこととなる宿敵たちとの対峙。